啤酒中除了酒精和二氧化碳，还含有蛋白质，碳水化物，以及其他上百种有机物。而每当啤酒接上啤酒扎啤机系统后，酵母和细菌也会随着啤酒进入并吸附在管路和设备上。此外，啤酒中还会有矿物质的析出，也会残留在管路和部件上。如果不进行适当的清洗，这些残留物将迅速地影响啤酒的风味，并大幅降低扎啤供应的效率和品质。
因而，即便是一套全新安装的啤酒扎啤机系统，只需短短几天，产生的残留物就会附着在啤酒经过的管路和设备中。
进行适当的清洗，就需要我们采用适当的清洁剂和正确的清洗流程，对扎啤管路进行定期清洁，从而有效防止有机物和矿物质在扎啤系统中残留，并杀灭破坏啤酒风味的微生物。扎啤清洗流程需要合理制定，并且严格执行，这样才能确保扎啤系统故障率降到最低，供应出新鲜、美味的啤酒。
新的啤酒扎啤机系统在使用前也需要用化学清洗剂进行清洗，并用冷水冲净残留后，才能打酒。这么做，可以去除可能存在的污染物，并把管路内的氧气赶走。在接上酒桶之前，还需要用二氧化碳将所有管路的空气顶走，避免氧气被压入新开的酒桶内。
啤酒扎啤机系统的设计应当遵循“供酒管路尽可能短”的原则，以避免操作困难，节约清洁成本。随着供酒管路的加长，酒液大量起沫和其他打酒的问题也会增多，这会造成大量酒损浪费。此外，更长的管路还会增加设备的负担，增加设备维修和更换的成本。