在啤酒生产过程中，设备的卫生管理是一个十分关键的环节。啤酒受到污染后，会导致啤酒的口感不佳，严重时还会使啤酒变酸变质，造成经济上的损失。为了保证良好的生产环境，啤酒设备的清洗和杀菌是必不可少。CIP清洗系统是最为常用的清洗和杀菌的设备，其操作简单、清洗和杀菌彻底。
清洗的目的和作用是清除罐壁、管道上的酵母、蛋白质凝固物、酒花树脂、草酸盐、酒石酸盐、碳酸盐等有机物和无机物，防止啤酒生产中的非生物污染;杀菌的目的和作用是使用合适的杀菌剂可以杀灭细菌、真菌等微生物，防止啤酒生产中的生物污染。
糖化设备的卫生：常温下，先用清水进行10分钟的预冲洗;然后配置1%～2%氢氧化钠溶液，加热到80～85℃进行CIP循环30分钟;接下来用90～95℃的热水进行CIP循环30～40分钟。
发酵设备的卫生：发酵罐卫生状况好坏对啤酒的质量影响很大，清洁无菌是发酵罐最基本的要求。
常温下，直接用清水冲洗;然后配置2%～4%的碱溶液，加热到80～85℃进行进行CIP循环30分钟;然后用清水进行冲洗5～10分钟，接下来配置1%～2%的硝酸或硫酸溶液在常温下CIP循环30分钟;再用清水进行冲洗5～10分钟，常温下配置0.35%～0.5%的杀菌剂进行CIP循环30分钟，最后用无菌水进行冲洗去掉残余的杀菌剂。
麦汁冷却器的卫生：一般啤酒厂对麦汁冷却器都进行碱洗，其清洗的频率需要安排妥当，因为麦汁冷却时会凝固析出相当多的蛋白质、酒花树酯等，积聚在冷却板之间防碍热交换效果、降低冷却流量，随之而来啤酒的质量也受到影响，诸如色度加深、苦涩味加重等。碱洗过后，用热清水洗掉残余的碱液。