自酿鲜啤污染菌的来源
啤酒生产中的污染菌，来源很多，细数下来，有空气、水、原料、冷麦汁、酵母菌种，还有设备和管路、助滤剂和添加剂、包装物料，以及各种用具，甚至操作人员不小心，都有可能是污染源之一。
在这些所有的污染源中，空气和水可以排在第一位。
空气：自酿鲜啤生产有时需要通风，如压缩空气不洁，易染菌；开放操作，物料常与环境空气直接接触，容易造成染菌。因此，啤酒酿造环境需要搞好环境卫生，以及必要时的空气灭菌操作都是非常重要的。
水：啤酒生产过程中需要大量的水。如果水质不清洁，那么在洗涤发酵池、贮酒罐、酵母、瓶子等，就可能造成啤酒严重染菌。特别是洗涤酵母的水，应绝对无菌，否则酵母会造成大面积染菌，且会蔓延到成品啤酒中，引起败坏。
原料：原料也会带入一部分杂菌。不过在麦汁制备过程中，经过麦汁煮沸，在高温条件下，杂菌会被消灭掉。经冷却后的冷麦汁，营养丰富，极易感染好气性和微好气性杂菌，如大肠菌群、多变黄杆菌和醋酸菌等。
酵母菌种：扩培的酵母菌母，因扩大培养后期采用了现场冷麦汁，故也有染菌的机会；回收再用的酵母泥，都有不同程度的染菌，回收代数愈多，污染程度也相对愈严重。
设备和管道：设备和管道不干净会带来杂菌污染，特别是与麦汁、啤酒和酵母有接触的暴露部分，如管道的弯头、阀门、连接等处和设备的排污口，均易染菌，特别是上述部位的死角部分应注意彻底清洁灭菌。此外，在选购和制造、安装设备和管道时，应注意与麦汁和啤酒有直接接触的设备和管道的内表面应光滑，以便于清洗，减少积垢，以防止杂菌蓄积增殖。
污染微生物的危害分析
啤酒总酸升高：冷麦汁污染醋酸菌和乳酸菌后，在酵母发酵的同时，它们会代谢产生较多的醋酸和乳酸，致使啤酒总酸增加，酸味不协调，甚至引起酸败。
啤酒双乙酰、高级醇含量升高：发酵过程中，一旦污染厌氧菌，发酵液双乙酰含量会明显升高，高级醇也会有所上升。
啤酒黏度增加，变混影响啤酒外观：一些厌氧菌会分泌黏性物质，增加啤酒黏度，使啤酒出现生物浑浊。如有些乳酸菌属能分泌荚膜多糖使啤酒黏稠。
影响酵母的正常生长和繁殖：冷麦汁和发酵液被杂菌污染后，杂菌会与酵母争夺营养，使酵母使用代数缩短、发酵性能降低。再次接种，会导致异常发酵，副产物增多，啤酒风味败坏等。
啤酒口味不协调，风味败坏，呈现异杂味：啤酒染菌后会产生多种代谢物，虽然经过巴氏杀菌能杀死污染菌，但其代谢物和细胞内容物却留在啤酒中，使得啤酒出现异杂味。
有害微生物的预防和控制
清洁卫生：保持啤酒生产环境清洁卫生，是减少或避免微生物污染的最基本条件。尤其是暗沟、下水道等卫生死角，不得有积存废水发粘、发霉、发臭等现象，每周用杀菌剂杀菌1-2次。
原料洁净：原料、辅材料不符合工艺卫生要求的严禁进厂，对进厂后的原料必须按其特性分开存放，防止污染。生产过程中使用的辅料、助剂等，按使用量领取，不能立即用完的，必须重新包好。清洗剂和消毒剂要注意其有效期和使用条件。
酿造用水：啤酒酿造用水符合生活饮用水标准，保证酿造用水不受化学污染和微生物污染，定期检测，定期对水处理设备进行清洗、消毒。
设备管道的清洁：设备、容器、管道各种管线的配置要合理，尽量减少弯头，内壁要光滑；使用前后必须清洗干净，并定期灭菌，弯头和软胶管接口清洗干净后放入杀菌剂中浸泡。
糖化设备的洗涤
糖化工序的设备、工器具等，用过后应立即刷洗干净，每周彻底清洗一次。管道每周用碱水、热水循环刷洗、灭菌，地面每周至少用漂白粉消毒1次。